酵母菌及相关丝状真菌系统学、进化基因组学及重要经济价值酵母菌应用开发研究。

1. 酵母菌生物多样性和生态学研究：对我国及世界酵母菌物种多样性和生态功能进行调查和研究，利用分子系统学、群体遗传学、系统基因组学和生态基因组学等方法，重建酵母菌及相关丝状真菌的演化历程和探讨单细胞和丝状类群间的演化关系，揭示生态、寄主和地理隔离等因素对其遗传分化与物种形成的作用。重点对特殊环境（低温、干燥、高辐射、高压）和重要生物基质（如地衣、重要植物、海洋生物）来源的酵母菌多样性和生态功能进行研究。

2. 酵母菌遗传和进化研究：利用基因编辑等遗传手段和比较基因组学、进化基因组学，探讨特殊生态、生理及代谢功能类群的环境适应机制、遗传特性和调控机制以及其基因组进化规律，从而阐明基因组进化和环境、寄主的进化关系。

3. 酵母菌新型表达系统研究：对具有各种抗逆性和特殊代谢途径等酵母菌进行系统筛选，选择具有外源蛋白表达系统开发潜力的类群进行遗传操作及代谢途径改造，研发高效可控的适用于不同需求外源基因表达系统。重点开展重要低温酶类和高价值重组疫苗的表达系统。

4. 酵母菌产业化开发：在拓展传统酵母菌（如酿酒酵母）在食品发酵等行业应用的基础上，重点开展非传统酵母菌在生物能源、生物医药和环境保护等行业中的产业化开发。